Célébrer les réalisations de l'Année du libre accès de l'IITA
9 septembre 2016
L'Institut a fait des progrès significatifs pour assurer la conformité à la décision de la direction d'adopter le libre accès, rendant ainsi ses travaux accessibles au public gratuitement. Comme résultat direct de la mise en œuvre du libre accès, un nouveau dépôt institutionnel a été introduit sous le nom de Espace CG. Il s'agit d'une implémentation partagée de DSpace hébergée par l'Institut international de recherche sur l'élevage (ILRI). CG Space stocke non seulement des données de publications scientifiques (articles de revues, livres, etc.), mais aussi d'autres contenus textuels et même multimédias tels que des rapports, des protocoles de terrain, des images, des affiches, des présentations et autres. Ce dépôt répond à toutes les exigences du libre accès, telles qu'une accessibilité permanente et illimitée sans connexion et gratuite, avec des métadonnées suffisantes et permettant à d'autres machines ou sites Web de moissonner le contenu. Il offre également une fonctionnalité de recherche et de navigation plus simple et flexible, affiche des statistiques d'utilisation sur les vues et les téléchargements, fournit des métadonnées utiles et tout cela de manière cohérente dans l'ensemble des 8 centres du GC, 7 programmes de recherche du GC (CRP), 4 programmes du GC et 9 autres partenaires de CG Space.
De plus, le programme d'amélioration du manioc de l'IITA a développé une méthode innovante pour saisir en toute sécurité les données des champs de manioc en utilisant des applications de carnets de terrain électroniques sur tablettes, qui capturent les données en millisecondes. Un lecteur de codes-barres intégré à ces tablettes lit les étiquettes de codes-barres qui sont générées et utilisées, par exemple, pour une identification précise et efficace des parcelles. Les tablettes sont ensuite connectées à une plateforme multifonctionnelle appelée Cassavabase, ce qui rend les données collectées facilement accessibles conformément à la politique de libre accès de l'Institut et peut être utilisé pour des analyses en aval.
Le programme utilise Cassavabase comme principal outil de gestion des données pour le téléchargement des données de phénotypage et de génotypage. Ces données sont utiles pour la mise en œuvre de la sélection génomique et amélioreront la précision de l'estimation des valeurs d'élevage et du gain génétique pour les caractères quantitatifs par rapport aux méthodes de sélection traditionnelles. Actuellement, Cassavabase compte plus de 1 500 essais de phénotypage, avec environ 8 millions d'observations phénotypiques et environ 2 milliards de points de données génotypiques, et plus de 400 utilisateurs enregistrés.
L'IITA a également développé et mis en œuvre le Breeding Management System (BMS), une suite logicielle complète et facile à utiliser, conçue pour aider les sélectionneurs à mener leurs activités courantes plus efficacement. Développé par la Plateforme de sélection intégrée (IBP) basée à l’IITA-Nairobi au Kenya, le BMS fournit des outils interconnectés pour la gestion des programmes de sélection, l’analyse des données et l’aide à la décision. Il met également à disposition une base de données qui fonctionne de manière transparente pour gérer les informations généalogiques, la caractérisation phénotypique et moléculaire ainsi que l’évaluation du matériel génétique.
L’unité de bioinformatique de l’Institut a également commencé à utiliser le séquençage à haut débit, une technologie émergente qui permet de séquencer rapidement et à moindre coût un génome entier, ce qui rend le processus accessible à de nombreux chercheurs et conduit à la production de grandes quantités de données. Cependant, cette technologie exige une grande puissance de calcul pour stocker et analyser efficacement ces vastes ensembles de données. L’IITA utilise ces données de séquençage depuis plus d’un an pour la découverte de gènes et le génotypage, afin d’accélérer les cycles de sélection.
Actuellement, l’unité détient plus de 4 To de données de séquençage compressées provenant de différentes cultures. Pour se représenter cette quantité de données stockées, si l’on imprimait uniquement le texte de ces données de séquençage, l’impression s’étendrait sur environ 300 km d’un bout à l’autre. Pour le traitement de données à grande échelle, l’unité de bioinformatique est dotée d’une puissance de calcul renforcée, comprenant 64 cœurs et un total de 900 gigaoctets de mémoire vive (RAM). La capacité réelle est configurée pour le stockage de 30 To de données et le traitement de 2 To de données compressées au cours d’un seul processus d’analyse. Cela permet à l’IITA de maîtriser le génotypage à grande échelle, l’expression génique et le séquençage du génome entier pour la recherche avancée en génomique végétale. Cette capacité importante permet aux chercheurs de l’IITA d’améliorer la précision de la corrélation entre les caractères, y compris les caractères complexes, et les marqueurs, ce qui contribue à son tour à une sélection végétale plus rapide et plus efficace.
Des travaux sont actuellement en cours pour développer des plateformes apparentées : Musabase et Yambase découlant du succès de Cassavabase. L'IITA contribue également activement au développement du “ Projet de plateforme sur les mégadonnées ” du Consortium du CGIAR. Le pool de données envisagé qui sera généré par cette plateforme multi-centres du CGIAR pourrait être utilisé, par exemple, pour fournir directement des informations et des conseils agronomiques aux agriculteurs par des moyens électroniques ou basés sur la technologie mobile.
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