L'Afrique de l'Ouest représentant Sur les 92% de la production mondiale annuelle d'ignames (67 millions de tonnes ; FAO, 2018), l'igname joue un signifierôle de la fourmi dans la sécurité alimentaire et la génération de revenus de la région. Bien que l'igname soit un nom commun pour les multiples espèces de cultures appartenant au genre Dioscorea, largement cultivé comme culture de base dans les régions tropicales et subtropicales, Dioscorea arrondie est l'espèce la plus cultivée de cette région et représente la majeure partie de la production d'ignames.
Cependant, les longs cycles de croissance, une floraison irrégulière ou absente et la dioécie — la présence de caractéristiques à la fois mâles et femelles — ont continué à limiter la recherche génétique et l'élevage D. arrondie. D'autres facteurs limitants majeurs étaient la floraison non synchrone des génotypes parentaux et la présence de chromosomes multiples. (polyploïdie), et des niveaux élevés persistants de formes différentes d'un gène particulier (hétérozygotie)..
L'augmentation de la productivité de l'igname en Afrique de l'Ouest par la sélection nécessite des techniques efficaces de phénotypage et de génotypage. Ces techniques permettent d'identifier des matériels présentant divers caractères cibles, tels qu'un rendement élevé, une maturité précoce, ainsi qu'une taille et une forme de tubercules optimales. Même ainsi, l'analyse et l'utilisation de ressources génétiques présentant une large plage de variation jouent un rôle essentiel dans l'amélioration génétique des plantes cultivées.
Un groupe de chercheurs de sept instituts internationaux, dont IITA, a mené une étude pour développer une mini-collection de base — qui réduit la taille de la collection de base sans perdre le spectre de la diversité — à partir d'une collection de base de 447 D. arrondie accessions maintenues au IITUn Centre de Ressources Génétiques. L'étude a évalué la mini-collection de base ainsi que le matériel de référence d'igname existant — lignées de sélection et variétés locales.
Selon l'étude, 90 marqueurs SSR préalablement développés pour l'analyse de la diversité de l'igname à partir d'une bibliothèque génomique enrichie en microsatellites d'igname jaune de Guinée (D. cayenensis Lam.) ont fait l'objet d'un sériage préalable sur 16 sélectionnés aléatoirement D. arrondie accessions de la collection de base pour identifier un ensemble de marqueurs polymorphiques — plusieurs variants de séquence d'ADN — en vue d'un génotypage ultérieur.
Le chercheurs sélectionneréd le accessions de la collection de base basé sur le la diversité du cluster tout en veillant à ce que chaque groupe’les adhésions étaient représentés dans la mini-collection de base. Ils ont en outre validé la mini-collection de base sélectionnée pour sa représentation de la collection de base sur la base des origines géographiques des accessions.
Bien que la mini-collection de base sélectionnée ne couvre pas l'intégralité de la diversité génétique de D. arrondie en Afrique de l'Ouest, elle présente une diversité considérable qui mérite d'être étudiée plus avant pour décrypter la base génétique des caractères clés et améliorer génétiquement les ignames. C'est particulièrement le cas pour les cultures locales d'importance régionale mais sous-étudiées, telles que l'igname en Afrique de l'Ouest et du Centre.
La mini-collection de base développée pour D. arrondie de l'étude représente une ressource petite et facile à utiliser qui est inestimable pour accélérer les études génétiques et génomiques, y compris l'amélioration de cette culture importante pour la sécurité alimentaire sur le continent.
Cette étude a été menée dans le cadre du projet intitulé “Utilisation de l'information génomique et des outils moléculaires pour la valorisation et l'amélioration du matériel génétique de l'igname en Afrique de l'Ouest (EDITS-Yam ; 2011-2015)”de la Centre international de recherche japonais pour les sciences agricoles, en collaboration avec le Centre de recherche en biotechnologie d'Iwate, IITA, Université d'agriculture de Tokyo, Université Purdue, Université La Trobe, et le Université de Kyoto, avec le soutien partiel de Société japonaise pour la promotion de la science.
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