Utilisation de R : Interventions pour la santé des semences et stratégies de surveillance et d'atténuation fondées sur les risques
12 avril 2019
Un atelier international sur l'utilisation des packages R pour la santé des semences s'est tenu le 18 mars au IITA siège social à Ibadan, au Nigeria. Professeure Karen Garrett de Université de Floride, de Gainesville, a organisé l'atelier dans le cadre du groupe de systèmes de semences RTB CC2.1, qui a compté la participation de 20 personnes représentant huit pays, et a été co-animé par les doctorants Kelsey Andersen et James Fulton.
Après qu'Andersen a introduit l'utilisation de R, l'équipe a présenté le paquet R seed Health, qui fournit une analyse de scénarios pour évaluer les résultats des stratégies intégrées de santé des semences. Ce programme a été construit sur les analyses et le code d'une étude intitulée “ Cadre d'évaluation des risques pour la dégénérescence des semences : informer une stratégie intégrée de santé des semences pour les cultures à propagation végétative ” (lien en libre accès vers l'article à https://apsjournals.apsnet.org/doi/10.1094/PHYTO-09-16-0340-R).Le deuxième paquet concernait l'analyse des réseaux d'impact (INA), conçue pour aborder de multiples aspects des réseaux socio-économiques liés (propagation d'idées, d'argent, d'influence, etc.) et des réseaux biophysiques (propagation de nouvelles variétés, de semences certifiées, d'agents pathogènes, de ravageurs, etc.). (Publications en libre accès sur https://apsjournals.apsnet.org/doi/full/10.1094/PHYTO-03-17-0108-FI et https://apsjournals.apsnet.org/doi/10.1094/PHYTO-03-18-0072-RDes stratégies de surveillance fondées sur les risques ont été utilisées comme exemple pour employer l'INA afin d'identifier les meilleurs emplacements dans un réseau pour l'échantillonnage afin de détecter rapidement un agent pathogène en propagation ou une nouvelle variété ou technologie en propagation. “ Un nœud est meilleur pour l'échantillonnage si l'agent pathogène est susceptible d'être détecté à ce nœud avant qu'il ne se soit propagé très loin dans le réseau ”, a déclaré le prof. Garrett. Par exemple, un nœud isolé serait un mauvais choix d'échantillonnage car l'agent pathogène pourrait se propager largement avant d'atteindre le nœud isolé.
Les fonctions de cette analyse peuvent également prendre en compte des informations sur les endroits où l'agent pathogène est le plus susceptible de pénétrer dans le réseau pour prédire les épidémies. Par exemple, les nœuds pour lesquels peu d'informations sont disponibles par le biais des réseaux de communication peuvent être plus susceptibles d'être vulnérables et de constituer des points d'entrée pour les agents pathogènes.
Lava Kumar, responsable des unités de virologie et de santé du germoplasme, a remercié le Professeur Garrett et son équipe d'avoir fait découvrir aux participants de l'atelier, dont beaucoup sont des doctorants, les paquets R et leur importance pour les recherches en cours sur la lutte contre les maladies virales émergentes, les programmes de surveillance des maladies et les interventions sur les systèmes semenciers visant à atténuer l'impact des maladies transmises par les semences.
L'atelier a été soutenu par le Programme de recherche du CGIAR sur les racines, les tubercules et les bananes (CRP-RTB).
Participants de la réunion sur une photo de groupe
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